Un détail qui ne se serait pas copié avec, ou un petit changement vite fait entretemps sans le transférer...? Ou changement provisoire du nom d'un fichier, puis oublié...? Chez moi c'étaient ça les pièges, dans le flux du travail, avec oubli de reporter ensuite le petit changement sur l'autre fichier.

Sinon, c'est vraiment étrange. Reste encore, éventuellement, l'emplacement du clone, les liens vers d'autres fichiers n'étant éventuellement plus valables.